30 illik işğal ərzində Qarabağın ən çox ekologiyasına ziyan dəyib. Bu müddət ərzində 54 328 hektar meşə sahəsi məhv edilib. Elə buna görədir ki, işğaldan azad edildikdən dərhal sonra bu ərazilərdə komenadantlıqlar daha sonra qərargah yaradılmasına başlanıldı. Hal hazırda isə işğaldan azad edilən ərazilərdə ilkin qiymətləndirmə işləri davam etdirilir. Ermənistanın Qarabağın ekologiyasına vurduğu ziyanın dəqiq statistikası isə hələ məlum deyil. Amma buna baxmayaraq bu ərazilərdə bərpa işləri aparılır. İlk növbədə diqqət yaşıllıqların salınmasına yönəlib. 

Qarabağın kurort şəbəkələri də Ermənistanın işğalına məruz qalıb.Tutqun çayı ərazisində termal suların mövcud quyular şəbəkəsi dağıdılıb. Yeraltı xammal ehtiyatı da böyük həcmdə talan edilib. 4 yataq ciddi şəkildə istismar olunub. Ekoloji ziyanın qiymətləndirilməsi yekunlaşdırıldıqdan sonra bu ərazilərin bərpası mərhələsi başlayacaq. Tez və dəqiq Ekoloji qiymətləndirilmə üçün Azərbaycanın bu sahədə təhsil alan gənclərinin biliklərindən istifadən istifadə ediləcək. Ekoloji vəziyyətin qiymətləndirilməsi üçün səyyar laboratoriyalar quraşdırılıb. Artıq Şuşa və Hadrut qəsəbəsində topoqrafiq xəritələrin hazırlanmasına başlanılıb.